Theo những người gắn bó lâu năm với nghề làm bánh khọt, nguồn gốc của loại bánh này xuất phát từ bánh căn của vùng Bình Thuận, Ninh Thuận, Khánh Hòa.
Khi người dân di cư vào vùng đất mới đã đem theo món ăn truyền thống của cha ông rồi dần thay đổi cách làm, hương vị cho phù hợp với nguồn nguyên liệu, phong vị của người bản địa. Còn cái tên bánh “khọt”, theo giải thích của nhiều người là do khi đổ bánh, để lóc bánh ra khỏi khuôn, người ta phải dùng muỗng khẩy lên, khi muỗng va chạm vào thành khuôn phát ra tiếng kêu “khọt khọt”, tên gọi của bánh cũng bắt đầu từ ấy. Nhưng cũng có cách lý giải tên bánh theo một ý nghĩa khác. Đó là ngày xưa, những người nghèo, cơ cực, không đủ tiền ăn cao lương mỹ vị mà chỉ ăn loại bánh làm toàn bằng bột chứ không có thịt thà gì. Vì vậy, người ta đặt tên cho loại bánh ấy là “khộp”, nghĩa là nghèo khổ (theo từ cổ). Lâu dần, cái tên “khộp” ấy được đọc trại thành “khọt”.
Vỏ bánh được làm từ hỗn hợp bột gạo, trứng gà, nước cốt dừa. Nhân bánh khá đa dạng có thể là sò điệp, tôm tươi, thịt bằm, chả cá, nhưng ưa chuộng nhất vẫn là tôm tươi. Vì là món ăn dân giã nên cách làm bánh khọt cũng khá đơn giản: Gạo đem ngâm nước khoảng 2-3 tiếng cho hơi mềm, sau đó đem xay, ủ qua đêm, khi chế biến hòa bột gạo với nước cốt dừa, trứng gà, hành lá xắt nhỏ, bột nghệ... Khuôn bánh khọt bắc lên bếp cho nóng, tráng một lớp dầu mỏng rồi đổ bột vào đợi bánh gần chín cho tôm lên trên mặt bánh, đậy nắp khuôn lại và đợi đến khi bánh chín cho một ít dầu vào để dễ lấy bánh khỏi khuôn. Ngoài ra có thể cho thịt bằm hay các loại hải sản khác lên mặt bánh để món bánh dân dã thêm phần phong phú và đa dạng hơn.